As coleções científicas do JBB têm o objetivo de manter representantes da biodiversidade brasileira em condições ex situ com a finalidade de conservar espécies, manter banco de germoplasma para perpetuação das mesmas e prover pesquisas, priorizando espécies que constam na lista oficial de espécies ameaçadas de extinção. As coleções do JBB estão representadas pelas bromélias, cactos, aráceas e orquídeas e, também, pelo Index Seminum.